中医认为本病是由于不洁性交，或洗涤用具不洁，或摄生不慎，湿热毒邪侵犯下焦，伤及泌尿生殖系统，继而出现气血瘀阻、脾肾亏损等证候，所以临床上，本病常被分为下焦湿热、气血瘀阻及脾肾亏损三型治疗。
下焦湿热型非淋菌性尿道炎症状见小便频数短涩，或尿道有黄白色秽浊之物流出，女性有阴部瘙痒、带下量多、小腹疼痛，患者多伴有口苦口粘，脘腹胀满等症状，舌红苔黄腻，脉弦滑。这是由于湿热毒邪侵犯下焦，膀胱气化不利，不能分清泌浊所致。治疗宜清热利湿，解毒化浊。常用方药如下：石菖蒲20g 车前子10g 黄柏10g 白术10g 丹参30g 莲子心10g 败酱草30g 忍冬藤30g 土茯苓30g 生甘草10g。如疼痛明显者，可加入白花蛇舌草30g，马鞭草30g；如分泌物多时，可加入木通10g，泽泻1.0g。本方既有清热除湿的车前子、莲子心，又有解毒化浊的石菖蒲、黄柏、败酱草、忍冬藤、土茯苓、生甘草等。
气血瘀阻型非淋菌性尿道炎症状常见有小便淋漓不畅，或尿道口有秽浊之物流出，或带下异常，小腹胀痛，舌暗，苔白，脉弦细。这是由于久病入络，或由于湿热之邪阻滞经脉，气血瘀阻所致。治疗宜行气活血，化浊止痛。常用药物为膈下逐瘀汤加减：当归10g 川芎10g 赤芍10g 桃仁10g 枳实10g 元胡10g 五灵脂10g 乌药10g 香附10g 牛膝10g 土茯苓30g 滑石20g 生甘草10g。如尿痛明显者，可加入白花蛇舌草30g，淡竹叶10g。本方当归、川芎、赤芍、桃仁、五灵脂均具有活血化瘀的作用，枳实、元胡、乌药、香附理气行滞，土茯苓、滑石、生甘草解毒利湿。
脾肾亏虚型非淋菌性尿道炎症状为小便淋漓不尽，遇劳即发，或尿道口有白浊之物，女性白带量多，腰膝酸软，大便溏薄，舌质淡，脉软。这是由于久病失治误治，伤及脾肾。治疗宜健脾补肾，利湿化浊。常用方药为四君子汤合六味地黄丸加减：党参10g 黄芪30g 白术10g 茯苓30g 山药30g 山茱萸10g 熟地10g 泽泻10g 丹皮10 g 牛膝10g 忍冬藤30g。本方党参、黄芪、白术、茯苓、山药均有健脾利湿的作用；山茱萸、熟地补肾；泽泻、丹皮、牛膝、忍冬藤利湿、活血、解毒。
偏方验方
(1)赤小豆汤 赤小豆50g，玉米须50g。煮汤饮之，每日1次，连服20天。
(2)淡竹叶芦根汤 淡竹叶10g，鲜芦根50g，野菊花10g。水煎服，20天为1疗程。
(3)通草汤 通草30g，鱼腥草30g，代茶饮，不拘次数。 家庭自疗：
1、黄连10g，白花蛇舌草、马齿苋各30g，土茯苓、苦参、白鲜皮、瞿麦、萆�齔、石菖蒲、川牛膝各l5g，木通、甘草各6g。每日1剂， 水煎分2次服．
2、土茯苓、苦参各30g，黄柏、地肤子各20g。每日1剂，水煎外洗。
非淋菌性尿道炎男性可有尿道口红肿，龟头有充血，红疹，女性则有外阴瘙痒，白带量多及阴道瘙痒等症状。除服药治疗外，局部治疗也很关键。常用的外治疗法有：
(1)3％硼酸水 取200mL湿敷阴部或冲洗外阴。
(2)苦参饮 苦参20g，蛇床子20g，地肤子20g，黄柏20g，野菊花20g。水煎外洗，每日1次，每次30分钟。
(3)取市售洁尔阴、皮肤康、洁身纯等洗液兑入适当的水，冲洗患部。
注意：广谱抗生素疗法是比较有效的、也是最广泛采用的治疗方法。但其易产生赖药性，对胃、肝、肾副作用大，长期作用会继发霉菌二重感染。
治疗结束一周应随访复查。
预防非淋菌性尿道炎发生的关键是杜绝不洁性交。此外，公共浴堂的卫生也很重要，不提倡洗盆塘，衣服要单独存放。淋病加大了本病发病的机会，故患淋病后要积极治疗，彻底治愈。淋病治愈后要化验检查是否患有非淋菌性尿道炎。配偶一方患病后，另一方要作化验检查，发现患病后要积极治疗。尖锐湿疣
