尽管目前有较多的方法可以去除尖锐湿疣损害，但还没有一种十分理想的疗法去除HPV。初步研究认为一种理想的治疗HPV感染或尖锐湿疣的方法就是要通过诱导局部炎症反应及细胞因子的产生，或用合适的抗原进行免疫，或使表皮内的HPV抗原暴露于真皮内的免疫系统，从而诱导出特异性针对HPV的细胞免疫应答，发挥机体完整的免疫应答功能以消除HPV或尖锐湿疣病变组织。但一些研究表明HPV与其他病毒不同的是在其感染上皮细胞后只能刺激机体产生一种相对较弱的免疫应答。这主要与以下因素有关：①HPV不能溶解被其感染的细胞，极少有病毒蛋白释放出来，故不发生免疫应答，局部也不产生细胞因子；②HPV无系统感染相，极少有机会发生抗原呈递；③HPV所含蛋白较少，其中大部分可以“模拟”机体自身的非免疫原性蛋白；④休止期皮肤具有较强的抗炎作用，此时T细胞处于无功能状态，所产生的细胞因子也主要是下调免疫应答并抑制T细胞的功能。由此可见，要想提高对尖锐湿疣的疗效或去除HPV感染尚有许多工作要做。

尖锐湿疣的治疗原则主要有3个方面：①直接破坏并清除尖锐湿疣组织，所采用的方法有外用疗法如外用药物疗法，或采用冷冻疗法、激光疗法等物理疗法；②反复用药等涂擦尖锐湿疣损害和损伤其表皮，使表皮内的HPV抗原暴露于真皮内的免疫系统，从而建立和发挥完整的免疫功能，以清除疣组织；③提高患者机体全身性和局部性免疫力，提高患者机体抗HPV感染的能力，所采用的方法是全身性或局部性免疫疗法等内用药物疗法。总的来说目前治疗尖锐湿疣仍以外用疗法直接去除尖锐湿疣损害为主要治疗方法，内用疗法为辅助治疗方法。