肾病综合征的发生，常因外感六淫，或内伤七情，使全身气化功能失常所致。病位多在肺、脾、肾、三焦。若因外邪而致水肿者，病变部位开始多责之肺及上焦。所以古人归纳水有肿的基本病机为：其标在肺，其制在脾，其本在肾，其中以脾为制水之脏，实为水肿病机的关键。
1.风邪外袭
肺为之之上源，主一身之表，外合皮毛，最易遭受外邪侵袭，一旦风寒外束或风热上受，则肺气失宣，不能通调水道，下输膀胱，以致风遏水阻，风水相搏，流溢肌肤，发为水肿。
2.风湿浸淫
风湿相搏，内浸致痹，若痹证不已，反复外感，与脏气相搏，损伤脾胃，运化失职，不能升清降浊、化气行水，水液泛于肌肤，而成水肿。正如《诸病源候论 "脚气病诸候》云：“风湿毒气，从脚上入于内，与脏气相搏，结聚不散，故心腹胀急也。”胀急即为肿。
3.湿热疮毒
诸痛痒疮皆属于火，疮疖乳蛾、猩红斑疹、疮疹成脓等致津液气化失常，湿热毒邪弥漫三焦，水液停蓄，发为水肿。如《济生方 "水肿》云：“又有年少，血热生疮，变为肿满。”明 "李挺《医学入门》亦指出：“阳水多兼食积，或饮毒水，或疮毒所致也。”
4.劳倦内伤
劳伤或纵欲，均能耗气伤津，累及脾肾，致脾虚失运，摄取精微物质的功能障碍，水湿内生，肾不主水，水泛肌肤，发为水肿。
5.气滞血瘀
水湿内停，阻滞气机，或久病不愈，由气及血，或肝失疏泄，气滞血瘀，均可伤及肾络。肾络不通，水道瘀塞，开阖不利，可致水气停着，形成水肿。
《素问 "经脉别论》曰：“饮入于胃，游溢精气，上输于脾，脾气散精，上归于肺，通调水道，下输膀胱，水精四布，五经并行。”这是对正常津液代谢过程的概括，代谢过程涉及肺、脾、肾与三焦。肺、脾、肾三脏功能衰弱，三焦通道不利，则津液运行停滞，必然会发生水肿。临床肾病综合征初发病人均存在着水肿、尿少、乏力、畏寒、面色无华、舌淡等一系列阳之候，提示肾病综合征的病因乃阳虚不能温化水湿的缘故。机体的阳气虚衰，指的就是肺、脾、肾阳气的不足。在整个津液代谢过程中肾中阳气起着主导作用，脾对水液的运化，有赖于肾阳温煦、推动，肺对水液的宣发肃降，有赖于肾阳的蒸化协同，三焦通利有赖于肾阳蒸腾气化。故张景岳说：“凡水肿之证，乃肺、脾、肾相干之病，盖水为至阴，故其本在肾；水化于气，故其标在肺，水畏土，故其制在脾。……分而言之，而三脏各有所至，然合而言之，则总由阴胜之害，而病本皆归于肾”（《景岳全书 "肿胀》）。表明水肿之病总由肾阳虚不能制约水阴之胜。
蛋白尿是肾病综合征的特征之一，肾综患者往往以脾肾气虚为主，久病则肺气亦虚；脾气不足，运化失常，气机不利，清气不升，尿漏精微物质而见蛋白尿，精微物质不能上荣而见面色�齭白，神疲乏力。肾气亏虚，失于封藏，不能固摄，精微下泄亦可致尿蛋白产生。尿中蛋白丢失前均为构成人体的精微物质，中医认为是构成人体的基本物质，也是人体各种功能活动的物质基础。“夫精者，身之本也”（《素问 "金匮真言论》），“阳化气，阴成形”（《素问 "阴阳应象大论》）。长期蛋白尿使精微物质进一步减少，又加重肾阴不足，因此肾病综合征的本质应是阳本不足而致阴亦无余。阴亏因阳虚而成，是由阳虚及阴；在机体内行使一部分功能的精微物质丢失及机体各脏腑失去津液的濡润，必然会导致体内阳气更虚，是由阴虚及阳。如若迁延恶化，必然会导致阴阳俱虚。水湿是肾病综合征最主要的病理表现，是机体内阳气衰微的结果。《素问 "逆调论》称：“肾者水脏，主津液”，肾虚气化失常，水液代谢障碍，水湿内停则发为水肿。“湿胜则阳微”水湿属阴邪，最能伤人阳气，水停日久，则进一步加重肾阳虚衰，阳气一虚，就更难温化已成之水湿了。
